Las formas, colores y texturas de las plantas que crecen en el Jardín contrastan armónicamente con la arquitectura del convento de Santo Domingo, construido con cantera verde.  El agua que fluye a lo largo de un canal guía a los visitantes por todo el Jardín.

 El Maestro Francisco Toledo (†) y el Maestro Luis Zárate, artistas plásticos oaxaqueños,  encabezan el diseño del Jardín.  El “Patio del Huaje” y la fuente “La Sangre de Mitla” son obra del Maestro Toledo.  La fuente “Espejo de Cuanana” y las esculturas que modifican el nivel y la dirección del agua a lo largo del canal son del Maestro Zárate.  El Jardín muestra también obras en madera y piedra de los artistas Jorge DuBon, José Villalobos y Jorge Yázpik.

En el Jardín pueden verse los hornos de cal donde se preparó el mortero para construir el edificio de Santo Domingo, así como un horno de cerámica, y los baños y lavaderos de los novicios, vestigios arqueológicos que nos acercan a la vida cotidiana de los dominicos en el siglo XVII.

Hemos plantado en el Jardín varias cícadas, plantas que evolucionaron hace más de 230 millones de años y florecieron durante el jurásico, era de los dinosaurios.  Oaxaca cuenta con más de 20 especies de cícadas, la mayoría de ellas endémicas.  Una de las cícadas del Jardín, que pertenece a la especie Dioon purpusii, fue recolectada por el Maestro Casiano Conzatti, quien la trasplantó en su casa; cincuenta años después, sus nietos la donaron al Jardín.

Una sección del Jardín está dedicada a las especies que crecen en Guilá Naquitz, cueva cerca de Mitla donde los arqueólogos encontraron restos de plantas usadas por los antiguos cazadores y recolectores. Entre ellas aparecieron semillas de calabaza cultivadas hace diez mil años, los indicios más tempranos de agricultura conocidos hasta ahora en toda América.  En la misma cueva se encontraron los primeros restos de maíz reportados a la fecha, con cerca de siete mil años de antigüedad.